株式会社は、法律上所有と経営が分離していて、合同会社は所有と経営が一致しています。
つまり、株式会社は、株主がオーナーとなり、取締役が実際の業務を遂行するのが基本となります。
合同会社は、社員がオーナーとなり、実際の業務も社員が遂行します。
税務上の取り扱いはまったく同じです。
合同会社のメリットは、株式会社よりも設立費用が安いということです。
一般的に、屋号があり、会社名はあまり関係ないような業種では、合同会社でも良いかもしれませんが、一般的に株式会社の方が社会的信用は大きいといえるでしょう。